Ağabeyi Birinci Ahmed Hanın vefâtı üzerine 22 Kasım 1617’de ilk defâ ekberiyet kâidesine göre, yâni hânedânın en yaşlı mensûbu olarak zorla tahta çıkarıldı.Sultan Mustafa Han, devlet meseleleriyle ilgilenmediğini ifâde ederek saltanatı kabul etmediyse de bu hâl devlet erkânınca göz önüne alınmadı. Ancak çok geçmeden devlet işlerinde Sultânın yabancı kalması ve işlerin karışması üzerine, durumun böyle devâm edemeyeceğini anlayan devlet adamları hal’ine fetvâ aldılar ve 26 Şubat 1618 günü Sultan Mustafa’yı tahttan indirerek yerine Genç Osman’ı çıkardılar.Ancak yenilik taraftarı olmayanların tahrikleri netîcesinde isyân eden yeniçeriler 19 Mayıs 1622’de Genç Osman’ı tahttan indirdiler. Bu durum Sultan Mustafa’nın ikinci defâ tahta geçirilmesine yol açtı. Bu sırada Sultan Osman Hanın vezîriâzam Kara Dâvûd Paşa tarafından şehit ettirilmesi büyük karışıklıklara sebep oldu. Sultan Mustafa Han, Dâvûd Paşayı azlederek yerine Mere HüseyinPaşayı getirdiyse de, isyanlar son bulmadı. Erzurum Beylerbeyi Abaza Mehmed Paşa başkaldırarak, bölgesindeki yeniçerilerin bir kısmını öldürttü. “Genç Osman’ın intikâmını alacağım” diye and içen Abaza, İstanbul’a gelmek için yola çıktı. Bursa’yı muhâsara ettiyse de alamadı. Kış geldiği için Niğde’ye çekildi.

Anadolu’daki isyanlar ve Genç Osman’ın şehit edilmesi olayına adı karışan sipâhiler, halk nezdinde kazandıkları nefreti silmek için bir dîvân toplantısı sırasında ayaklanarak Sultan Osman Hanın kâtillerinin bulunmasını istediler. Bunun üzerine Kara Dâvûd Paşa ve Kalenderoğlu denilen kişiler yakalanarak îdâm edildiler.Diğer taraftan Osmanlı Devletinin iç karışıklıklarından istifâde etmek isteyen Lehistan kazakları, daha önce imzâlanan antlaşma şartlarına uymayarak, şayka adı verilen yüz elli civârında küçük gemiyle Osmanlı kıyılarına saldırdılar. Kazakların üzerine gönderilen Karadeniz serdârı Dâmâd Receb Paşa, kazakları tâkip ederek Kilgra önünde bir çok gemilerini batırdı ve 21 gemiyi zabt ederek beş bin esirle İstanbul’a döndü.İstanbul’da vukûbulan karışıklıklar ve Anadolu’da meydana gelen isyanlar, Osmanlı Devletinin başında daha kudretli, azimkâr ve zekî bir pâdişâhın bulunmasını gerekli kılıyordu. Bu sebeple 1623’te sadârete getirilen Kemankeş AliPaşa, Şeyhülislâm Yahyâ Efendi ve diğer devlet erkânı toplanarak Sultan Mustafa’nın artık makâm-ı saltanatta kalmaması gerektiği husûsunda karara vardılar. Nitekim verilen fetvâ ile 10 Eylül 1623 günü Sultan Mustafa, ikinci defâ tahttan indirildi ve yerine Dördüncü Murâd Han geçti.Sultan Mustafa Han, zayıf ve nârin vücutlu idi. Yüzü her zaman solgun olup, üzüntülü bir görünüşü vardı. Son derece dindârdı. Sık sık türbeleri ziyâret eder ve çokça sadaka dağıtırdı. Saraydaki hayâtını ibâdet içinde, dînî eserler ve Kur’ân-ı kerîm okuyarak geçirirdi. Saltanatta gözü olmadığı için her iki hal’inde de en küçük bir memnûniyetsizlik göstermemiş, tahttan sevinçle inmiştir.20 Ocak 1639 günü Topkapı Sarayında vefât eden Sultan Mustafa Han, Ayasofya Câmii karşısındaki türbesinde medfundur..